W środę, 7 listopada 2012 r., Rada Miasta Krakowa przegłosowała zgodę na powołanie nowego krakowskiego muzeum – Muzeum PRL-u (w organizacji) w miejsce krakowskiego oddziału Muzeum Historii Polski w Warszawie. Będzie to nowa placówka samorządowa organizowana przez władze miasta.

Ponieważ tym samym przestanie istnieć uzasadnienie merytoryczne oraz podstawy lokalowe i  finansowe dla funkcjonowania naszej placówki, dyrektor MHP Robert Kostro oraz dyrektor Muzeum PRL-u Jadwiga Emilewicz zostali zmuszeni do podjęcia decyzji o rozwiązaniu Muzeum PRL-u działającego w ramach Muzeum Historii Polski. Oddział zakończy swoją pracę w pierwszym kwartale 2013 po zamknięciu bieżącej wystawy, projektów edukacyjnych oraz uporządkowaniu kwestii prawnych.